C'erano una volta un bambino e un pinguino, due estranei che venivano da due sponde opposte dell'oceano. E come l'inizio di ogni amicizia, la loro è davvero una storia straordinaria.
Ci sono pinguini che si accontentano di un'esistenza da carini e coccolosi e ci sono pinguini che, al contrario, hanno fatto dell'avventura mozzafiato il loro pesce quotidiano. Come Skipper, Kowalski, Rico e Soldato. E poco importa se Soldato è davvero carino e coccoloso: il suo desiderio più grande è proprio quello di liberarsi di questa etichetta e poter dimostrare a Skipper di essere un membro a tutti gli effetti della squadra, meritevole e coraggioso. L'occasione gli verrà fornita dalla missione contro il malvagio Octavius Tentacoli, un ex polpo invidioso (ora umanoide geneticamente modificato) che minaccia di trasformare tutti i pinguini della terra in mostri.
Un leone, una giraffa, una zebra e un ippopotamo decidono di scappare dallo zoo di New York per girare un po' il mondo, ai loro occhi sconosciuto, ma durante la loro fuga, un gruppo di animalisti li cattura e li spedisce nel loro habitat naturale in Madagascar. I quattro però, non abituati a vivere liberi, non si ambientano tanto facilmente...
Ritroviamo Alex il leone, Marty la zebra, Gloria l'ippopotamo e Melman la giraffa alla deriva nelle remote spiagge del Madagascar, pronti ad imbarcarsi sull'aereo riparato dalla squadra di terribili pinguini per tornare a Central Park. Un atterraggio di fortuna, però, ben prima di arrivare nei cieli americani, li catapulta nel bel mezzo di una pianura africana, ai piedi del Kilimangiaro. Tutto appare come la realizzazione di un sogno: Alex ritrova la famiglia, Marty il branco che ha sempre desiderato, Gloria le attenzioni del prestante Moto Moto e Melman l'opportunità di mostrare un po' di eroismo. L'Africa è dunque meglio di New York City? Di certo non è meno avventurosa.
Alex il leone, Marty la zebra, Melman la giraffa e Gloria l'ippopotamo, fuggiti dallo zoo di New York City e sbarcati prima in Madagascar e poi nell'Africa centrale, hanno nostalgia della Grande Mela e per questo nuotano fino a Monte Carlo, alla ricerca dell'aeroplano dei pinguini. Sul suolo francese, però, una poliziotta pronta a tutto li elegge a nemico numero uno. Scappare con il treno di un circo è la loro unica speranza: un impresario americano a Londra potrebbe comprare lo show e riportarli tutti a casa. L'esibizione, però, è tutta da inventare.
Cody Maverick è un pinguino che sogna la prossima onda per lasciare Ghiacciano Terme e diventare un campione del surf. Seguito da una troupe televisiva che documenta la sua prima competizione professionistica, Cody abbandona la madre e il grasso fratello diretto all'isola di Pen Gu. Partecipando al Big Z Memorial Surf-Off, un concorso annuale dedicato a un surfista inghiottito dall'oceano, Cody riscopre il valore dell'amicizia e dell'altruismo, trova l'amore e qualche motivazione in più per cavalcare l'onda.
Mambo è cresciuto a pesci e tip tap, ha sposato Gloria e adesso è padre apprensivo di Erik, un cucciolo che sogna due ali per volare e una voce per cantare. Goffo e maldestro, Erik è diverso dagli altri pinguini, non canta, non balla e non sembra trovare il suo posto nel mondo. Fuggito da casa incontra Sven, un pinguino molto speciale, col becco grosso e due ali adatte al volo. Predicatore cialtrone di mistica e di fumo, Sven colpisce la fantasia di Erik e ne diventa figura di riferimento. Raggiunto da Mambo, Erik si lascia convincere a malincuore a tornare indietro. Il mondo intorno a loro intanto si sta trasformando, l'innalzamento delle temperature e lo scioglimento dei ghiacciai hanno compromesso la sicurezza dei pinguini imperiali. Sulla strada verso casa, Erik troverà la sua canzone e Mambo imparerà il mestiere del genitore, salvando creativamente Gloria e tutti i suoi compagni. Lo aiuteranno nell'impresa i colossali elefanti marini e i minuscoli krill.
Mambo è un pinguino imperatore diverso dagli altri: è completamente stonato, mentre tutto il resto del gruppo sa cantare perfettamente. Mambo ha però un altro talento: danza meglio di Fred Astaire, anche se questa sua peculiare abilità lo rende inviso a Noah l'anziano, che lo scaccia dalla comunità. Solo, ma con nuovi amici trovati lungo le sue peregrinazioni, Mambo riuscirà a riscattarsi e salvare i suoi simili, proprio grazie all'abilità nel ballo, ma non prima di aver vissuto emozionanti e pericolose avventure.
Geppetto, genio della robotica, crea un prototipo di robot dalla personalità umana di nome Pinocchio. Questi, aiutato dal maggiordomo robotico Spencer, inizia a vivere la vita di un bambino andando a scuola.Conosce Marlene, figlia del sindaco Scamboli, che subito mostra interesse verso questo robot speciale. Scamboli, però, geloso dell'ingegno di Geppetto, nasconde nel suo nuovo parco giochi un dispositivo in grado di trasformare in robot ogni bambino che lo attraversi.Aiutato da Marlene e dalla fata Cyberina, Pinocchio sventerà il piano di Scamboli e si guadagnerà il corpo di un bambino in carne ed ossa.
Wallace affitta l'ex camera da letto di Gromit a un pinguino, che si interessa ai pantaloni techno creati da Wallace. Tuttavia, Gromit in seguito scopre che il pinguino è un criminale ricercato.
Gli animali dello zoo sono tornati con una nuova avventura a tema natalizio. Quando Babbo Natale precipita sull'isola di Madagascar, sarà compito di Alex, Marty, Gloria, Melman e dei Pinguini si salvare il Natale.
Preparatevi con una slitta piena di risate con questo esilarante classico natalizio.
Durante la stagione estiva, quando gli animali del Central Park Zoo si stanno preparando per il Natale, privato, il piu' giovane dei pinguini si accorge che l'orso polare e' tutto da soli. Assicurato che nessuno avrebbe dovuto passare il Natale da solo, privato va in citta' per lo shopping dell'ultimo minuto di Natale. Lungo la strada, ottiene infilati in una calza. I suoi compagni di venture pinguini dopo di lui dopo aver notato la sua assenza, e cercare di salvarlo.