L'agente della CIA Bill Pope ha stretto un accordo con "l'Olandese", un giovane hacker che, in cambio di un bel bottino e una garanzia di sicurezza, può impedire che il controllo di un arsenale finisca nelle mani sbagliate, quelle dell'anarchico Heimdahl. Ma l'agente Pope, unico detentore delle informazioni riguardo il luogo in cui si trovano tanto l'hacker quanto i soldi, viene assassinato e al capo della sezione inglese della CIA, Quaker Wells, non resta altra scelta che affidarsi al dottor Franks, per un esperimento mai tentato prima: trasferire la memoria di Pope nel cervello di Jerico Stewart, detenuto nel braccio della morte, incapace di distinguere il bene dal male e di provare sentimenti.
Dom Cobb possiede una qualifica speciale: è in grado di inserirsi nei sogni altrui per prelevare i segreti nascosti nel più profondo del subconscio. Viene contattato da Saito, un potentissimo industriale di origine giapponese, il quale gli chiede di tentare l'operazione opposta. Non deve prelevare pensieri celati ma inserire un'idea che si radichi nella mente di una persona. Costui è Robert Fischer Jr. il quale, alla morte dell'anziano e dittatoriale genitore, dovrà convincersi che l'unica cosa che può fare è distruggere l'impero ereditato. Saito avrà allora campo libero. In cambio offrirà a Cobb la possibilità di rientrare negli Stati Uniti dove è ricercato per omicidio. Cobb accetta e si fa affiancare da un team di cui entra a far parte la giovane Ariane, architetto abilissimo nella costruzione di spazi virtuali.
Per raccogliere informazioni su una bomba batteriologica a tempo, installata a Los Angeles, Sean Archer dell'FBI si fa trapiantare la faccia di Castor Troy, criminale internazionale che, dopo aver collocato l'ordigno, è ricoverato nell'ospedale di un carcere. Uscito dal coma, Troy si sottopone alla stessa operazione e s'infiltra nella vita professionale e privata di Archer.
Ora Neo controlla perfettamente i suoi straordinari poteri e Zion è assediata dall'Esercito delle Macchine. Solo poche ore separano l'ultima enclave umana sulla Terra da 250.000 Sentinelle programmate per distruggere il genere umano. Ma i cittadini di Zion, incoraggiati dalla convinzione di Morpheus che L'Eletto adempierà la Profezia dell'Oracolo e metterà fine alla guerra con le Macchine, puntano tutte le loro speranze su Neo, che si ritrova bloccato da visioni sconvolgenti. Resi più forti dall'amore e dalla fiducia che li lega, Neo e Trinity scelgono di tornare in Matrix con Morpheus e di lottare contro le forze della repressione e dello sfruttamento. Ma esistono ancora figure potenti dentro Matrix che si oppongono all'artificio della scelta, e si sottraggono alla responsabilità che comporta, poiché si cibano delle verità emotive degli altri.
Neo è in coma nell'infermeria della Hammer, ma la sua mente si trova intrappolata in una sorta di limbo situato tra il mondo reale e matrix. Il creatore del limbo virtuale è un nuovo personaggio, enigmatico e misterioso quanto la figura del fabbricante di chiavi, ma con un dentista decisamente peggiore. Toccherà ai compagni di Neo l'arduo compito di liberarlo, tornando nel castello del Merovingio, che muove i fili del gioco. Riuscirà Zion a resistere all'inesorabile avanzata delle macchine? Potrà l'eletto sconfiggere il suo nemico giurato, l'agente Smith?
Il giovane Sean Anderson è tanto uno studente prodigio quanto un adolescente inquieto. Da quando ha perso il padre, la sua unica ossessione è recuperare i legami familiari. Dopo esser stato fermato dalla polizia per essersi addentrato in un centro satellitare per captare un messaggio in codice, Sean si fa aiutare dal patrigno Hank nella decrittazione. Il messaggio pare provenire dal nonno di Sean, scomparso da dieci anni, e sostiene che l'isola descritta da Jules Verne nel suo 'L'isola misteriosa' non solo esista, ma che sia la stessa raccontata da Stevenson ne 'L'isola del Tesoro' e da Swift ne 'I viaggi di Gulliver'. Mettendo assieme le mappe dei tre romanzi, i due scoprono una cartina con delle coordinate e partono così alla volta dell'Oceano Pacifico alla ricerca dell'Isola misteriosa.
Il Giocattolaio ha messo a punto il videogame che gli darà definitivamente il controllo di tutti i ragazzi del pianeta e Carmen Cortez ci è rimasta intrappolata dentro. È tempo che Juni, suo fratello e come lei agente delle OSS, torni sulle scene per liberarla e battere il malvagio Giocattolaio. Non sarà semplice superare i dodici livelli di gioco che li separano dalla libertà, ma ad aiutarli ci sarà una variegata serie di super-agenti.
Due astronauti, il tenente Payton e il Caporale Bower si risvegliano nella loro nave spaziale Elysium che è stata lanciata nel 2174 avendo come meta il pianeta Tanis. La Terra è ormai sovrappopolata e le risorse sono minime e fatte oggetto di lotta per la sopravvivenza. Su Tanis sembra sia possibile ricominciare. I due, che avrebbero dovuto far parte di un turno di operatività, si ritrovano però soli nell'immensa astronave. Bower inizia un'esplorazione che lo porta a una terribile scoperta: pochi umani sono sopravvissuti come tali. Gran parte dell'equipaggio e di quella che avrebbe dovuto essere una sorta di Arca di Noè di terrestri si sono trasformati in mostri assetati di sangue.
Il famoso paleontologo Alan Grant (già conosciuto nel primo Jurassic Park) è in cerca di fondi per degli studi sui Velociraptor e sull'evoluzione della loro intelligenza. L'occasione perfetta si presenta con il milionario Paul Kierby che in cambio di un tour su Isla Sorna gli offre un lauto assegno. Niente di pericoloso, se non che l'aereo che cui stanno viaggiando precipita sull'isola e i malcapitati si trovano imprigionati sull'isola.
New Mexico, 1875. Uno straniero ferito e privo di memoria arriva nella cittadina di Absolution e non gli occorrerà molto tempo per comprendere che non è gradito. Tutti gli abitanti vivono sotto il dominio del colonnello Dolarhyde e debbono subire le angherie del suo tracotante rampollo. Tutto cambia però quando la città viene attaccata da strani oggetti volanti che seminano il panico. Per combattere gli alieni è infatti necessario che tutte le forze disponibili si uniscano.
Alex è un giovane senza arte né parte, figlio di proletari e dedito a furti, stupri e omicidi. Fa capo a una banda di spostati, denominati drughi. Dopo aver usato violenza alla moglie di uno scrittore finisce in carcere. Viene sottoposto ad angherie ma si fa amico un prete. Pur di essere scarcerato accetta il "trattamento lodovico", che consiste nell'assistere a filmati di violenza. Quando esce scopre che i genitori hanno subaffittato la sua stanza. Senza poter reagire, dovrà subire violenza da alcuni mendicanti vendicativi, dai drughi diventati poliziotti e dallo scrittore che ha perso la moglie e che ora si trova su una sedia a rotelle. Tenta il suicidio e all'ospedale riceve una visita di cortesia da parte del primo ministro.
Omicidi strani e misteriosi inquietano la città, generando una scia di sangue senza logica. Del caso si occupa Tom Beck (Michael Nouri) al quale arriva a dare una mano un agente dell’FBI, Lloyd Gallagher (Kyle MacLachlan), che, serio e poco espansivo, dice di essere sulle tracce di un assassino che gli ha ucciso moglie e figlia. Ma Lloyd in realtà sa molto sul criminale: si tratta di un alieno mostruoso in grado di prendere possesso delle persone. E anche Lloyd ha un piccolo segreto che potrà tornargli utile nella caccia.
Tomas è un ladruncolo uscito praticamente indenne da un terribile disastro aereo. Federico aveva il potere di "rubare" letteralmente la fortuna altrui con un semplice tocco della mano. Sam, ebreo, è sopravvissuto all'Olocausto e gestisce un casinò sfidando in una folle gara di roulette russa chi abbia la presunzione di essere più fortunato di lui. Sara è una poliziotta scampata all'incidente automobilistico in cui ha perso la vita la sua famiglia. Il destino o il caso li faranno incontrare e scontrare in una partita decisiva da cui solo uno potrà emergere "intatto".
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