Il film inizia con il recupero nell'orbita terrestre di un sarcofago a forma di croce contenente l'unità Eva-01 nel quale Shinji Ikari è disciolto in seguito al Near Third Impact, effettuato da Asuka a bordo dell'Eva-02 e supportata da Mari a bordo della rispettiva unità Eva-08 per conto della Wille. Durante il recupero Asuka Langley viene attaccata dal sistema di difesa della Nerv che consiste in un angelo creato appositamente per difendere lo Eva-01, trovatasi in difficoltà chiede disperatamente l'intervento di Shinji causando inaspettatamente la momentanea attivazione dell'unità Eva-01 che elimina l'angelo salvandola.
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