Ruth e Harry decidono di fare un romantico viaggio con lo zaino in spalla attraverso il Pacifico nord-occidentale, ma tra lo splendido scenario, Ruth fa una scoperta inaspettata che la mette in viaggio verso un nuovo, strano e spaventoso percorso. La coppia non è sola nel bosco e potrebbe non essere la stessa quando esce... se esce.
Il film è basato sulla missione dell'Apollo 18. In realtà questo viaggio spaziale è stato cancellato dalla NASA ma la pellicola ipotizza che la missione si sia svolta segretamente sulla luna ed abbia portato ad un incontro con gli extraterrestri. Nel film verrà inoltre spiegato il motivo per cui la NASA durante questi anni ha nascosto le prove dell'esistenza degli alieni. Parte di Apollo 18 sarà realizzato con del footage filmato dagli astronauti negli anni settanta recentemente scoperto.
Il nucleo centrale della storia si svolge tra il 4 ed il 5 luglio del 2009 nella cittadina di Claridge, nel Maryland, durante i festeggiamenti per il Giorno dell'Indipendenza ai quali sta assistendo anche la giovane Donna Thompson, studentessa di giornalismo al suo primo incarico come reporter. Le celebrazioni vengono bruscamente interrotte dallo scoppio di una misteriosa epidemia, che si presenta sottoforma di grosse e molto dolorose vesciche in tutto il corpo e che in breve tempo si propaga a macchia d'olio a buona parte degli abitanti. Il dottore dell'ospedale locale, incapace di comprendere la natura della malattia, contatta il centro malattie infettive, che tuttavia come le autorità locali si trova nell'impossibilità di capire l'origine del fenomeno. Solo più avanti si scopre che il responsabile del contagio non è un batterio o un agente virale, ma un parassita, il Cymothoa exigua.