Dopo aver provocato una disastrosa tempesta di cibo Flint e i suoi amici sono costretti ad abbandonare la città di Swallow Falls. Lo scienziato accetta l'invito del suo idolo Chester V di unirsi alla The Live Corp Company, alla quale è stato dato il compito di ripulire l'isola e dove i migliori inventori del mondo creano tecnologie per migliorare la vita di tutte le persone. Quando Flint scopre che la sua invenzione è ancora funzionante e che questa volta sta creando strani animali composti da cibo, lui e i suoi amici devono tornare a Swallow Falls per salvare ancora una volta il mondo.
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