Nel 1984, al Circolo polare artico, il Kola Superdeep Borehole è il più grande laboratorio segreto dell’URSS, situato a 12 mila metri sotto terra. Pochi mesi dopo l’apertura del sito, gli scienziati registrano voci e urla di origine sconosciuta. Il laboratorio viene allora chiuso e un team di ricerca d’emergenza, guidato da Anna, viene inviato per scoprire cosa si nasconda nel buco più profondo del mondo…
Negli anni Cinquanta un virus alieno era stato rilevato sulla superficie di un meteorite precipitato nella remota Siberia. Siamo nei primi anni Duemila: un team di scienziati americani - guidati dalla dottoressa Cole - lavora in un laboratorio sotterraneo top secret in Alaska, dove esegue ricerche per sviluppare armi batteriologiche.
Dopo vari tentativi, i ricercatori riescono a clonare il virus extraterrestre: tuttavia un errore causa la contaminazione aliena dell’interno laboratorio. Gli scienziati inviano un segnale d'emergenza poco prima del blocco completo della struttura, ma cosa sia successo non è chiaro. Così sul posto viene inviata una squadra di militari capitanati dal sergente Trainor: il loro compito è capire cosa sia accaduto là sotto e fermare il propagarsi del virus.