Anno 2032. Le differenze tra gli esseri umani e le macchine sono quasi scomparse. Gli umani hanno dimenticato le loro origini e quelli che restano convivono con i cyborg (umani che esistono in corpi interamente meccanici) e dolls (robot privi di qualsiasi elemento di umanità). Batou è un cyborg. Le uniche tracce di umanità risiedono nel suo cervello e nel ricordo di una donna chiamata Mayor. Batou sta indagando su una nuova specie di creature i gynoid. Esseri dall'aspetto femminile creati per la soddisfazione del desiderio sessuale che uccidono i loro padroni. La detection lo indurrà a porsi domande sul suo essere più profondo.
Tokyo, 2029. Le reti telematiche controllano tutti i meccanismi economici e di produzione, i creatori di software sono una delle risorse indispensabili delle grandi potenze mondiali, e gli Hackers informatici rappresentano una risorsa fondamentale per le grandi organizzazioni criminali, adattatesi alla rivoluzione digitale che ha invaso il mondo. In questo mondo, i cyborgs sono stati in grado di infrangere i limiti degli esseri umani e si sono imposti, grazie ai loro impianti bionici, in ogni settore della vita quotidiana, superiori a semplici androidi, perchè mantengono ancora l'essenza (il ghost) della razza umana.
Metropia è ambientato in una futuristica e terrificante Europa. In un mondo che sta finendo il petrolio, è stata creata una rete globale a cui tutti sono connessi. Roger, un operatore del sobborgo di Stoccolma, sente strane voci nella sua testa quando si avvicina alla metropolitana. Un giorno scopre che la sua vita è controllata in ogni dettaglio. Cercando di liberarsi, incontra la misteriosa Nina alla quale chiede aiuto per la fuga. O è forse Nina ad aver bisogno di Roger?