A former 3D theme park attraction at Sanrio Puroland. A spaceship called Earth is dispatched to investigate the disappearance of its counterpart on a monster-filled planet beyond our Solar System. Once there, it quickly spots the downed craft, and is promptly attacked by Mothra and Rodan. It spots Godzilla and opens fire on him, giving the Planet enough time to escape.
Tokyo un segnale elettromagnetico ignoto causa scosse sismiche su vasta scala, compromettendo il funzionamento di una centrale nucleare. Nell'incidente Joe Brody perde la moglie e non si darà pace fino a che non avrà scoperto le ragioni del disastro, nascoste dalle versioni ufficiali. Quindici anni dopo la sua ricerca porterà alla verità, alla più incredibile e distruttiva delle verità.
Legioni di mostruose creature, note come Kaiju, sono emerse dal mare danno il via una guerra che costa milioni di vite e consuma la risorse del pianeta a ritmi vertiginosi. Per combattere i giganteschi Kaiji, sono state ideate delle armi speciali: enormi robot chiamati Jaegers comandati mentalmente da due piloti attraverso delle reti neurali. Ma perfino i Jaegers sembrano impotenti contro i mostri venuti dalle profondità marine. Vicini alla sconfitta, agli abitanti della Terra non resta che affidarsi a due improbabili eroi: uno scapestrato ex pilota e un'inesperta allieva cui viene affidato un vecchio ma glorioso Jaeger. Saranno loro le ultime speranze del genere umano giunto ormai sull’orlo dell’Apolcalisse.
Il primatologo Davis Okoye è un uomo schivo. Condivide un legame indissolubile con George, un gorilla silverback straordinariamente intelligente di cui si occupa dalla nascita. Un esperimento genetico scorretto e dai risultati catastrofici trasforma la gentile scimmia in un’enorme creatura furiosa. A peggiorare le cose, ben presto si scopre che altri animali sono stati modificati nello stesso modo. Mentre questi nuovi predatori alfa devastano il Nord America, distruggendo ogni cosa che incontrano lungo il loro cammino, Okoye si allea con uno screditato ingegnere genetico per creare un antidoto, facendosi strada attraverso un campo di battaglia in continua evoluzione, non solo per impedire una catastrofe globale ma per salvare lo spaventoso primate che una volta era suo amico.
Il ribelle Jake Pentecost, un tempo promettente pilota Jaeger il cui leggendario padre diede la vita per assicurare la vittoria dell'uomo sui mostruosi "Kaiju", decide di abbandonare il suo addestramento, per ritrovarsi coinvolto nel mondo della criminalità. Quando però una minaccia ancora più inarrestabile rischia di abbattersi sulle nostre città e di mettere in ginocchio l'umanità, la sorella Mako Mori, adesso a capo di una nuova e coraggiosa generazione di piloti cresciuti all'ombra della guerra, dà a Jake un'ultima possibilità per dimostrarsi all'altezza dell'eredità lasciata dal padre. Mentre cercano giustizia per i caduti, la loro unica speranza è unire le forze in una rivolta globale contro l’estinzione. Jake verrà affiancato da Lambert, un talentuoso pilota rivale, e dalla quindicenne Amara, un'hacker di Jaeger. Ribellandosi per diventare la più potente linea di difesa mai esistita, faranno rotta verso una nuova, spettacolare avventura di gigantesca portata.
New York. Una notte come tante altre, almeno così sembra.., ma ad un certo punto un black out, fa cadere la città nel buio. Quello che succede subito dopo è terrificante, una misteriosa creatura sta radendo al suolo la città, la testa della statua della libertà vola come una palla infuocata fra i grattacieli.., la Grande Mela è nel caos e l'esercito non sa cosa fare.
In Giappone è una giornata tranquilla quando uno strano incidente in una baia diffonde il panico tra i funzionari governativi. In un primo momento, si sospetta che si tratti solo di normale attività vulcanica ma un giovane dirigente crede che vi sia dietro qualcos'altro. I suoi incubi peggiori prendono vita quando un enorme mostro emerge dalle profondità marine e inizia a distruggere tutto ciò che incontra lungo il suo cammino. Mentre il governo tenta di tutto per salvare le persone, una squadra di volontari cerca di capire i punti deboli della creatura e i suoi misteriosi legami con una superpotenza straniera.
Gloria (Anne Hathaway) è una donna che dopo aver perso il lavoro e il fidanzato decide di lasciarsi alle spalle tutto e si trasferisce da New York, il suo paese natio. Qui, scopre di essere collegata mentalmente con una lucertola gigante che a migliaia di chilometri di distanza sta devastando la città di Seoul.
Negli anni '70, in Antartide, Godzilla viene fatto cadere dentro un pozzo di ghiaccio da un sottomarino volante col muso a trivella, il Gotengo (già visto in Atragon, film di Ishiro Honda del 1963). A causa di ciò, Godzilla finisce in ibernazione. Nel 2004 l'umanità vive un periodo pacifico: grazie all'attività dell'EDF (Earth Defence Force), munito di armi supertecnologiche come un'intera flotta di Gotengo e di soldati dotati di superpoteri, i mostri che assalivano il mondo da tempo hanno smesso di essere un problema. L'ultimo ad essere distrutto dal Gotengo è il serpente marino Manda (anch'esso visto in Atragon), annientato con il cannone Zero Assoluto. Improvvisamente, in superficie, avviene un simultaneo attacco di tutti i mostri conosciuti, eccetto Godzilla...
Henry Frankenstein (Colin Clive) ha deciso di mettere la testa a posto dopo le tremende vicende vissute in Frankenstein e di sposare Elizabeth (Valerie Hobson). Ma riceve la visita del bizzarro dottor Pretorius (Ernest Thesiger) che ha una proposta per lui: unire le forze per creare una donna per il mostro. Frankenstein rifiuta, ma Pretorius gli mostra quanto è riuscito a realizzare: minuscoli esseri perfettamente vivi, tenuti in contenitori di vetro. Frankenstein resiste e allora Pretorius fa rapire Elizabeth dal mostro (Boris Karloff), desideroso di una moglie, per costringere Frankenstein ad aiutarlo in quel folle compito.
Samira è una giovane poetessa malata di cancro e perciò ricoverata in una clinica in periferia. Un infermiere porta lei (accompagnata dal suo gatto Frodo) e altri malati in una gita a New York City a bordo di un bus per vedere uno spettacolo di marionette. Samira però ci va soprattutto con l'idea di approfittarne per mangiarsi una buona pizza. Questa sua innocente idea si scontra con la terrificante realtà di un'improvvisa invasione aliena che mette tutto a soqquadro. Samira riesce a sopravvivere e si rifugia in un luogo chiuso assieme ad altre persone. Ci si rende conto che gli alieni sono estremamente sensibili ai rumori e perciò le chance di rimanere vivi sono strettamente legate alla capacità di essere silenziosi.
Seth Brundle, uno scienziato, inventa una macchina in grado di trasportare la materia e decide di sperimentarla in prima persona, non accorgendosi però, che nella cabina di teletrasporto é entrata anche una mosca. Lo scienziato subirà così una spaventosa trasformazione perchè i suoi atomi si mescoleranno con quelli della mosca.
David Banner è uno scienziato che lavora per l'esercito ad un progetto per la rigenerazione dei tessuti. Ostacolato nelle sue ricerche, è costretto a farsi da cavia, iniettandosi un siero che lo modifica geneticamente. Gli effetti rimangono latenti in lui ma si trasferiscono nel corredo genetico di suo figlio Bruce. Allontanato dal padre in tenera età, Bruce diviene a sua volta un eminente biologo. In seguito ad un incidente in laboratorio, a causa di una sovraesposizione ai raggi gamma, la "diversità" di Bruce esplode in tutta la sua ferocia, trasformandolo in una creatura verde dotata di una forza incredibile che cresce esponenzialmente col crescere della sua rabbia. Il generale Ross schiera un esercito contro di lui, ma solo sua figlia Betty, collega e fidanzata di Bruce, è capace di fermarlo: la dolcezza è l'unico modo di calmare il mostro e farlo ritornare uomo.