Inviati nello spazio per risolvere una crisi energetica e scongiurare la distruzione del pianeta, alcuni scienziati devono fare i conti con un'oscura realtà alternativa.
L'astronave Covenant trasporta migliaia di embrioni in direzione di un pianeta dalle caratteristiche idonee alla colonizzazione da parte degli umani. A causa di un'avaria l'equipaggio è costretto a interrompere il sonno criogenico: una volta svegliatosi, intercetta un segnale radio da un pianeta molto vicino, anch'esso conforme come caratteristiche atmosferiche e precedentemente non individuato.
Seth Brundle, uno scienziato, inventa una macchina in grado di trasportare la materia e decide di sperimentarla in prima persona, non accorgendosi però, che nella cabina di teletrasporto é entrata anche una mosca. Lo scienziato subirà così una spaventosa trasformazione perchè i suoi atomi si mescoleranno con quelli della mosca.
Helene Delambre, sconvolta, confessa al cognato e alla polizia di avere ucciso suo marito André schiacciandogli la testa con una pressa. La donna racconta una storia che ha dell'inverosimile. André Delambre aveva realizzato un teletrasportatore, una macchina in grado di scomporre la materia trasferendola nello spazio per ricomporla altrove. Lo scienziato, dopo avere constatato che il congegno funzionava sugli oggetti, aveva deciso di sperimentarla su sé stesso convinto che fosse possibile smaterializzare e teletrasportare con la stessa facilità anche i corpi umani. Mentre si era accinto ad entrare nell'abitacolo della macchina, l'uomo non aveva fatto caso ad una mosca che era entrata con lui. L'esperimento si era trasformato in una tragedia: nella cabina di arrivo si erano materializzati un uomo con la testa e una zampa dell'insetto e un insetto con una minuscola testa e un braccio dell'uomo.
Susan Tyler, giovane scienziata, e suo marito Peter, del centro per il controllo malattie infettive di New York, hanno debellato una minaccia epidemica che incombeva su migliaia di bambini. Susan aveva combinato il DNA di diverse specie, creando un nuovo antigene chiamato 'Progenie di Giuda' e introducendolo nell'ecosistema di New York. Sono passati tre anni, e quella che sembrava una conquista dell'ingegneria genetica prende vita e, al di sotto della città, comincia a minacciare gli esseri umani. Gli unici a poter fermare questa creatura sono coloro che l'hanno fatta nascere.
In seguito ad un incidente stradale, Christine ha avuto il volto completamente sfigurato. Il padre, che dirige una clinica, è ossessionato dall’idea di trovare una rimedio alla trasfigurazione della figlia.
L'astronave Nostromo sbarca su un pianeta da cui proviene un SOS, ma la colonia sembra essere disabitata. I coloni sono stati in realtà sterminati da una razza aliena che ha trasformato la base in una gigantesca covata.
Siamo sul pianeta-penitenziario Fiorina 161, in un altro sistema solare. Qui naufraga il sottufficiale Ripley, insieme a un'altra creatura simile agli Alien che aveva già combattuto in passato. La comunità che abita il pianeta non è però tecnologicamente preparata alla lotta con quella creatura e Ripley teme che il suo incubo non finirà mai.
Duecento anni dopo essere morta, in un’astronave attrezzata a laboratorio Ellen Ripley (Sigourney Weaver) viene in qualche modo resuscitata grazie a un esperimento di clonazione. Ma le cose non sono così semplici e in Ripley si sono mescolate caratteristiche aliene. Oltre a ciò, Ripley si rende conto che lo scopo della sua resurrezione è quello di estrapolare la regina aliena che vive dentro di lei. A peggiorare le cose, le creature aliene allevate da scienziati privi di scrupoli scappano e cominciano a uccidere.
In seguito a uno scambio di DNA con un lontano pianeta, viene creato un essere mezzo donna e mezzo extraterrestre che, crescendo assai rapidamente, fugge dal laboratorio e se ne va in giro per gli States in cerca di un compagno con cui accoppiarsi. Quando vuole, però, può trasformarsi in un orribile mostro aggressivo. Le dà la caccia lo scienziato responsabile dell'esperimento con una squadra di esperti
Evasi da un carcere extragalattico e inseguiti da due cacciatori di taglie, gli affamati e zannuti critters raggiungono il pianeta Terra, invadono una fattoria del Kansas e si danno da fare per placare un terribile appetito.
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