La dodicenne Stephanie Crowe viene brutalmente assassinata nella sua abitazione nella piccola cittadina di Escondido, in California. Le autorità saltano alle conclusioni credendo responsabile il fratello quattordicenne Michael. Ignorano del tutto le forti evidenze che conducono a un altro sospetto e fanno di tutto per costringere l'adolescente a confessare ciò che non ha fatto.
Strip Search segue diverse storie parallele che esaminano le libertà personali e la sicurezza nazionale all'indomani dell'11 settembre; due sottotrame principali coinvolgono una donna americana detenuta in Cina e un uomo arabo detenuto a New York.