La storia è incentrata su uno sconosciuto (Jonathan Rhys Meyers) che si risveglia in Oklahoma in un letto d’ospedale senza ricordare chi sia e che presto scopre di essere ricercato dalla polizia per una serie di omicidi. Con l’aiuto della sua infermiera (Francesca Eastwood), che crede alla sua innocenza, fugge dall’ospedale, e insieme iniziano a cercare indizi per scagionarlo.
Due anni fa sperava di essersi lasciato alle spalle quel passato che non poteva ricordare, ma che lo perseguitava con misteriose immagini di morte e violenza. Il destino però torna a bussare alla porta di Jason Bourne, killer professionista senza più memoria, quando viene accusato (ingiustamente?) di aver ucciso il premier cinese.
Un uomo gravemente ferito viene raccolto in mare. Una volta ristabilitosi scopre di aver perso totalmente la memoria ma non le proprie abilità, dal parlare varie lingue all'usare con disinvoltura armi e arti marziali. Il recupero di una cassetta di sicurezza presso una banca di Zurigo non fa che aggiungere confusione, visto che contiene sei passaporti diversi. Tra tutte l'identità più probabile sembrerebbe quella di Jason Bourne, americano residente a Parigi. Giocoforza recarvisi, convincendo una ragazza a dargli un passaggio in cambio di 10.000 dollari. Ma qualcuno della Cia sa benissimo chi è lo smemorato, e preferirebbe decisamente vederlo morto...
Nicky Parsons, ex-agente della CIA, si infiltra in un ritrovo di hacker a Reykjavik per penetrare nei segreti dell'intelligence statunitense. Così facendo recupera quello che forse è il tassello mancante nella ricostruzione delle origini di Jason Bourne, uomo trasformato in una sorta di macchina omicida in seguito a un esperimento della CIA. Nicky riesce a contattare Bourne, datosi alla macchia, e l'incontro tra i due attira subito le attenzioni dei vertici di Langley, determinati a eliminare entrambi.
A due mesi dall'inizio di una pandemia mortale che ha avuto origine nella zona demilitarizzata e che ha devastato Stati Uniti e Corea del Nord, "Carter" si risveglia senza alcuna memoria del passato. Nella sua testa c'è un misterioso dispositivo e in bocca ha un ordigno letale. Una strana voce che sente solo lui gli dice cosa fare. La bomba può scoppiare da un momento all'altro, a meno che non riesca a salvare la bambina che è l'unico antidoto al virus, ma per riuscirci dovrà vedersela con la CIA e con i golpisti nordcoreani.
Il famoso simbolista Robert Langdon questa volta è sulle tracce di una serie di indizi legati al grande poeta Dante. Quando si risveglia in un ospedale italiano colpito da amnesia, si affida al medico Sienna Brooks per recuperare i suoi ricordi. In una corsa contro il tempo che ha per sfondo tutta l’Europa, cercheranno di prevenire le azioni di un folle che ha intenzione di scatenare una piaga strettamente connessa con l'Inferno di Dante Alighieri.
Michael Jennings è un ingegnere specializzato nell'introdursi in prodotti informatici appena brevettati per rubarne i segreti. È talmente bravo che, per contratto, le ditte che lo assoldano gli cancellano i ricordi di tutto il periodo in cui ha lavorato al progetto. Due mesi di vuoto di memoria sono tutto sommato un piccolo prezzo da pagare per vivere agiatamente. Ma un giorno la posta si fa più alta: lavorare per il vecchio amico Rethrick ad un progetto segretissimo, per tre anni, in cambio di una quantità di denaro irrifiutabile. Buio. Ritroviamo Jennings, privo di ogni ricordo dei passati tre anni, con un conto in banca azzerato, una bella fidanzata di cui non ricorda che uno sguardo, l'FBI che lo bracca e gli uomini di Rethrick che vogliono ucciderlo.
Barney Ross, Lee Christmas ed il resto del gruppo degli Expendables affrontano Conrad Stonebanks, che fondò gli Expendables anni addietro insieme a Barney. Stonebanks dopo aver abbandonato il gruppo, diviene un commerciante d'armi che Barney è costretto ad uccidere. Stonebanks si salva all'attentato ed ora vuole uccidere gli Expendables. Barney Ross decide di voler combattere il "vecchio sangue" con sangue giovane, così porta nel team dei nuovi membri, più giovani, più veloci e tecnologicamente avanzati. L’ultima missione diventa così uno scontro fra i modi della vecchia scuola e quelli di una tecnologia avanzata, per dar vita a quella che è la battaglia più particolare de I Mercenari.
Ethan Hunt, in procinto di sposarsi con Julia, ha deciso di ritirarsi dalla squadra operativa della IMF per dedicarsi esclusivamente all'addestramento di nuovi agenti. Acconsente tuttavia a compiere una missione a Berlino per recuperare l'agente Lindsay, che era stata una sua valida allieva. È l'inizio di una serie di fatti che lo vedranno costretto a rischiare tutto ciò che ha di più caro nella lotta contro Owen Davian, un trafficante di armi estremamente pericolose, in combutta con apparati deviati dello stesso IMF.
Michelle, ex medico militare, è coinvolta in una battaglia mortale per la sopravvivenza quando la mafia irlandese prende il controllo dell'ospedale in cui lavora. I malavitosi prendono il figlio di Michelle in ostaggio, costringendola a fare affidamento sul proprio passato temprato dalla guerra e sul proprio addestramento militare.
A Berlino per un congresso, il Dott. Martin Harris è vittima di un incidente stradale a bordo di un taxi. Dopo quattro giorni di coma si risveglia, per scoprire che un altro uomo ha assunto la sua identità e che persino sua moglie, in viaggio con lui, afferma di non conoscerlo. Ignorato dalle autorità e braccato da un misterioso assassino, Martin trova nella tassista del suo incidente un alleato per scavare a fondo in un mistero che mette in gioco la sua identità e la sua sanità mentale.
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