Koichi and Atsumi are lovers who have known each other all their lives. A year ago, however, a suicide attempt by Atsumi left her in a coma. Through 'sensing', a type of neurosurgical procedure allowing contact with the intentional aspect of a comatose patient's mind, Koishi tries to find out why Atsumi tried to kill herself, and to bring her back to consciousness. He enters her subconscious, and is told to find a picture of a plesiosaur she drew when she was a child. It turns out that a childhood incident buried in their past will bring their minds together.
Il capitano Colter Stevens, pilota di elicotteri e veterano della guerra in Afghanistan, si risveglia su un treno di pendolari senza avere la minima idea di dove si trovi. Di fronte a lui Christina, una bella ragazza che lo conosce ma che lui non riconosce affatto. In tasca (e nello specchio) l'identità di un giovane insegnante di nome Sean Fentress. Poi l'esplosione, che squarcia il convoglio. Ma Colter non è morto, da un monitor un ufficiale donna lo informa che dovrà tornare sul treno per identificare l'attentatore e prevenire un successivo, più micidiale attacco. Ogni volta che farà ritorno sul treno avrà solo 8 minuti a disposizione. Di più non gli è dato sapere, la missione è top-secret, il suo nome: "Source Code".
Anni '30. A causa di un'amara scoperta Hannon Fuller sa che la sua vita d'ora in poi sarà in grave pericolo. Per questo motivo scrive una lettera a Douglas Hall, suo fedele amico, nella quale gli spiega tutta la verità. Torna a casa si mette a letto e si ritrova in un altro mondo, nel mondo reale. Qui tenta nuovamente di mettersi in contatto con Hall, ma viene massacrato prima di riuscirci. Douglas Hall viene svegliato dalla polizia e invitato a fare il riconoscimento del corpo, da questo punto tanti punti interrogativi costelleranno la sua vita. Tra questi la comparsa della misteriosa figlia di Fuller, di cui lui non aveva mai sentito parlare.
La psicologa Catherine Deane (Jennifer Lopez) intraprende un viaggio terrificante nella mente di un serial killer (Vincent D'Onofrio) che entra in coma del ritrovamento della sua ultima vittima. Catherine ricorrere ad una cura sperimentale per scoprire i segreti dell'assassino prima che sia troppo tardi. La mente del killer si rivela più pericolosa di quanto si potesse immaginare; la vita di Catherine è in pericolo, l'agente dell'FBI Peter Novak (Vince Vaughn) ha il compito di salvarla dal mondo contorto in cui è imprigionata.
Il professore di lettere Johnny Smith (Christopher Walken) cade in un lungo periodo di coma in seguito ad un incidente stradale. Al suo risveglio non solo comprende che la sua vita sentimentale è irrimediabilmente distrutta (la sua fidanzata Sarah, l'ultima persona che vide prima dello scontro, si è nel frattempo sposata), ma scopre di possedere un oscuro e inquietante potere, che gli consente di predire il futuro di tutte le persone con cui entra in contatto fisico. Una semplice stretta di mano, ad esempio, genera improvvise visioni nella mente dell'uomo, che sa anticipare con assoluta certezza eventi drammatici e anche tragici che stanno per colpire la persona che ha toccato. Questa sua facoltà lo conduce ad affrontare alcuni episodi spaventosi.
Una dottoressa si insospettisce quando si accorge che, per una strana coincidenza, molti pazienti vengono trasferiti in una clinica privata dopo essere caduti misteriosamente in coma in seguito a una operazione chirurgica.
Ora Neo controlla perfettamente i suoi straordinari poteri e Zion è assediata dall'Esercito delle Macchine. Solo poche ore separano l'ultima enclave umana sulla Terra da 250.000 Sentinelle programmate per distruggere il genere umano. Ma i cittadini di Zion, incoraggiati dalla convinzione di Morpheus che L'Eletto adempierà la Profezia dell'Oracolo e metterà fine alla guerra con le Macchine, puntano tutte le loro speranze su Neo, che si ritrova bloccato da visioni sconvolgenti. Resi più forti dall'amore e dalla fiducia che li lega, Neo e Trinity scelgono di tornare in Matrix con Morpheus e di lottare contro le forze della repressione e dello sfruttamento. Ma esistono ancora figure potenti dentro Matrix che si oppongono all'artificio della scelta, e si sottraggono alla responsabilità che comporta, poiché si cibano delle verità emotive degli altri.
David Aames è un uomo davvero fortunato. È giovane, bello e ricco, essendo l'erede di un impero editoriale. È abituato ad ottenere ciò che vuole, quando vuole. Finché un giorno incontra Sofia che identifica come la donna dei suoi sogni. Ma ha appena fatto in tempo a comprenderlo che la ragazza scompare. La vita di David non può più essere la stessa. Si metterà a cercarla in modo ossessivo correndo numerosi rischi.
Neo è in coma nell'infermeria della Hammer, ma la sua mente si trova intrappolata in una sorta di limbo situato tra il mondo reale e matrix. Il creatore del limbo virtuale è un nuovo personaggio, enigmatico e misterioso quanto la figura del fabbricante di chiavi, ma con un dentista decisamente peggiore. Toccherà ai compagni di Neo l'arduo compito di liberarlo, tornando nel castello del Merovingio, che muove i fili del gioco. Riuscirà Zion a resistere all'inesorabile avanzata delle macchine? Potrà l'eletto sconfiggere il suo nemico giurato, l'agente Smith?
Nel resort Vice, il cui il personale è composto da esseri sintetici simili agli esseri umani, i ricchi possono vivere le loro più perverse fantasie. Ma un giorno un'androide (Childers) a causa di un bug viene inondata dai ricordi di tutti gli atti atroci contro di lei. Dopo aver preso coscienza di sé, fugge con l'intento di distruggere l'organizzazione.
Un genio del computer eccentrico e solitario, afflitto da angoscia esistenziale, lavora su un progetto misterioso volto a scoprire una volta per tutte lo scopo dell'esistenza o nell'eventualità la sua mancanza. Tuttavia è solo quando sperimenta la forza dell'amore e del desiderio che egli è in grado di capire la sua stessa ragione d'essere.