Sono passati 27 anni dall’ ultima missione dei Cyborg ed il mondo sembra averli oramai dimenticati, ma degli attacchi missilistici alla metropoli di Shanghai, scena con cui si apre il film, ridestano la paura ed i nove Cyborg vengono richiamati per quella che potrebbe risultare la loro missione più pericolosa e fondamentale, scoprire come e da chi sono stati lanciati questi attacchi.
Anno 2131: A causa una guerra nucleare, la Terra è ormai ridotta ad un ammasso di macerie, di città semidistrutte, di paesaggi tristi e desolati. Ogni giorno, in tutte le parti del globo, guerriglie cittadine, agguati e combattimenti all'ultimo sangue continuano a mietere vittime con il ricorso ad armi tecnologicamente avanzate, in mano a cyborg, piuttosto che da esseri umani, che ogni giorno lottano per la loro sopravvivenza. Tra questi umani c'è anche una ragazza dalle doti eccezionali, esperta nel combattimento corpo a corpo, ma capace anche di maneggiare con maestria qualsiasi tipo di arma da fuoco: il suo nome è Deunan Knute.
In seguito a una guerra che ha sterminato metà della popolazione del pianeta, la città di Olympus resiste come un faro di speranza in un mondo di caos. Deunan e il suo amato Briareos, un soldato cyborg, sono membri di una forza speciale di eccellenza al servizio di Olympus. La fedeltà dei due combattenti verrà messa alla prova dall'arrivo di un nuovo elemento nei ranghi, un Bioroid sperimentale di nome Tereus. Intanto, la stessa Olympus si trova attaccata a sorpresa da una misteriosa combriccola di scienziati.
Cooler è stato sconfitto da Goku dopo che quest'ultimo lo scagliò contro il Sole uccidendolo. Tuttavia, parte della sua materia cerebrale rimase a galla nello spazio e venne casualmente in contatto con Big Gete Star, un enorme pianeta meccanico generato da rifiuti spaziali e completamente autonomo. Big Gete Star ricostruisce così l'entità di Cooler che, una volta preso il totale controllo del computer principale, si dirige verso il pianeta di Neo Namecc attaccandolo e cominciando ad assorbirne l'energia vitale.
Tokyo, 2029. Le reti telematiche controllano tutti i meccanismi economici e di produzione, i creatori di software sono una delle risorse indispensabili delle grandi potenze mondiali, e gli Hackers informatici rappresentano una risorsa fondamentale per le grandi organizzazioni criminali, adattatesi alla rivoluzione digitale che ha invaso il mondo. In questo mondo, i cyborgs sono stati in grado di infrangere i limiti degli esseri umani e si sono imposti, grazie ai loro impianti bionici, in ogni settore della vita quotidiana, superiori a semplici androidi, perchè mantengono ancora l'essenza (lo spirito) della razza umana.
Anno 2032. Le differenze tra gli esseri umani e le macchine sono quasi scomparse. Gli umani hanno dimenticato le loro origini e quelli che restano convivono con i cyborg (umani che esistono in corpi interamente meccanici) e dolls (robot privi di qualsiasi elemento di umanità). Batou è un cyborg. Le uniche tracce di umanità risiedono nel suo cervello e nel ricordo di una donna chiamata Mayor. Batou sta indagando su una nuova specie di creature i gynoid. Esseri dall'aspetto femminile creati per la soddisfazione del desiderio sessuale che uccidono i loro padroni. La detection lo indurrà a porsi domande sul suo essere più profondo.
Jim Hawkins è un adolescente inquieto che ha scoperto la mappa del tesoro del capitano Flint. Lo spirito d'avventura lo farà imbarcare su un vascello volante che lo porterà al pianeta dove giace questa immensa fortuna. Il lungo viaggio cambierà psicologicamente il ragazzo, anche grazie al rapporto intenso con John Silver, cuoco di bordo trasformato in cyborg; questi non è però l'innocuo vecchietto che vuole far credere, ma un vero pirata, e destituisce il comandante del vascello per cercare assieme alla sua ciurma il luogo del tesoro. Ci vorrà tutto il coraggio e l'intraprendenza del giovane Jim per salvare la pelle ed arrivare per primo al tesoro.
Tokyo, 2029. Le reti telematiche controllano tutti i meccanismi economici e di produzione, i creatori di software sono una delle risorse indispensabili delle grandi potenze mondiali, e gli Hackers informatici rappresentano una risorsa fondamentale per le grandi organizzazioni criminali, adattatesi alla rivoluzione digitale che ha invaso il mondo. In questo mondo, i cyborgs sono stati in grado di infrangere i limiti degli esseri umani e si sono imposti, grazie ai loro impianti bionici, in ogni settore della vita quotidiana, superiori a semplici androidi, perchè mantengono ancora l'essenza (il ghost) della razza umana.
Il giovane Koji Kabuto è diventato uno scienziato, e un giorno scopre delle misteriose rovine all'interno del Monte Fuji chiamate Infinity, opera del Dottor Inferno e delle sue forze malvagie. A causa dell'enorme potere distruttivo dell'Infinity, l'umanità rischia l'estinzione. Koji è quindi costretto, dopo 10 anni, a riprendere i comandi di Mazinga Z e ad affrontare ancora una volta il dilemma della sua vita "Diventare Dio o Demone". Oggi più che mai il futuro dell'umanità è nelle sue mani.
Nel 2034, la Sezione di Pubblica Sicurezza Numero 9 è ancora attiva e si appresta a risolvere un nuovo cyber crimine. Un misterioso terrorista sta diffondendo un virus (elettronico) che provoca reazioni suicide negli individui che ne vengono infettati, ma dopo che il maggiore Motoko Kusanagi aveva lasciato la sezione (ben 2 anni prima), molto sembra essere cambiato all'interno di questa squadra speciale. Durante le indagini comunque, un terribile dubbio salterà in mente agli uomini della Sezione 9: il maggiore Kusanagi potrebbe avere qualcosa a fare con i sanguinosi attentati delle persone colpite dal virus. Tutta la storia si dirama nella ricerca della verità, e non senza colpi di scena si arriverà a scoprire manovre segrete di cui lo stesso governo nazionale potrebbe essere il promotore segreto.
Nel futuro la straordinaria cyborg Motoko Kusanagi, ufficiale dell’unità militare segreta 501, finisce vittima di un micidiale attacco hacker in seguito ad un attentato dinamitardo. Inizia la caccia ai responsabili.
Continua la caccia all'Hacker colpevole di aver creato "Fire starter", un virus in grado di modificare i ricordi nei cervelli cibernetici. Questo sarà il caso che porterà alla nascita vera e propria della Sezione 9.
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