Nel 2034, la Sezione di Pubblica Sicurezza Numero 9 è ancora attiva e si appresta a risolvere un nuovo cyber crimine. Un misterioso terrorista sta diffondendo un virus (elettronico) che provoca reazioni suicide negli individui che ne vengono infettati, ma dopo che il maggiore Motoko Kusanagi aveva lasciato la sezione (ben 2 anni prima), molto sembra essere cambiato all'interno di questa squadra speciale. Durante le indagini comunque, un terribile dubbio salterà in mente agli uomini della Sezione 9: il maggiore Kusanagi potrebbe avere qualcosa a fare con i sanguinosi attentati delle persone colpite dal virus. Tutta la storia si dirama nella ricerca della verità, e non senza colpi di scena si arriverà a scoprire manovre segrete di cui lo stesso governo nazionale potrebbe essere il promotore segreto.
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