La civiltà è stata distrutta dalla guerra e dall'inquinamento, ma i sopravvissuti hanno costruito l'ultima città di Ecoban. Poiché la maggior parte delle risorse naturali è stata esaurita, Ecoban è alimentato dall'inquinamento. I cittadini di Ecoban devono continuare a creare questo inquinamento che li porta in conflitto con gli abitanti di Marr mentre un uomo vuole solo sgombrare le nuvole e vedere il cielo.
La nostra storia è ambientata negli anni '60, in un Giappone post-bellico alternativo in cui il governo è presieduto dalla Germania, qui vittoriosa trionfatrice della seconda guerra mondiale e detentrice del potere assoluto. Il controllo del paese è ripartito tra tre forze principali: la polizia pubblica, il reparto speciale DIME e un gruppo di terroristi ribelli conosciuti come “La Setta”. In questo scenario di grave agitazione politica (il lungometraggio si apre proprio durante una sommossa popolare contro la polizia pubblica) si intrecciano le storie di Kazuki Fuse, membro dello squadrone d'assalto della DIME, e di Kei, una giovane facente parte del gruppo delle “Cappuccetto Rosso”, ossia donne e bambine incaricate dai ribelli di trasportare ordigni esplosivi. Fuse (il cui nome è ricollegabile alla parola "cane") è un abilissimo membro della squadra d'assalto, e tuttavia anche una persona emotivamente fragile...
1866, Inghilterra vittoriana alternativa. Alla vigilia della prima Esposizione Universale, Ray Steam, figlio di una famiglia di scienziati di Manchester, trascorre giorni e notti a escogitare nuove invenzioni. Ray aspetta con impazienza il ritorno del padre e del nonno, partiti per l'America per proseguire le proprie ricerche. Un giorno il ragazzo riceve una misteriosa sfera metallica inviatagli dal nonno. Ma l'Ohara Foundation vuole impossessarsi della sfera e rapisce Ray portandolo a Londra, nel padiglione della Ohara Foundation. Qui il ragazzo scopre i poteri della sfera: si tratta di un contenitore di vapore compresso ad alta densità, che può generare un'energia di proporzioni incredibili. Ray dovrà impedire in ogni modo che la sfera venga usata per scopi malvagi.