Marissa, una spia, si dimette dall'OSS quando nasce sua figlia, per dedicarsi a lei, agli altri due bambini del marito, un tranquillo reporter, che vorrebbe sfondare con un proprio programma televisivo "cacciatore di spie". Quando un vecchio nemico, il malvagio Timekeeper, minaccia di distruggere il mondo, Marissa è costretta a tornare al servizio dell'Agenzia che ha creato gli Spy Kids, ma questa volta con l'aiuto dei suoi figli acquisti.
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