In questo special di 40 minuti Phineas e Ferb si ritroveranno ad unirsi a quattro fra i più amati supereroi della Marvel (Iron Man, Hulk, Thor e ovviamente Spider-Man) contro altri quattro fra i peggiori supercattivi e Heinz. Nel fermare il piano di Doofenshmirtz di assorbire i poteri del fratello (poteri puramente politici, come inaugurare edifici, aumentare le tasse, ecc. ecc.) Perry distrugge il nuovo -inator di Heinz che doveva riuscire ad assorbire i poteri del fratello e immagazzinarli in un contenitore, ma l'inator riesce a sparare un ultimo raggio che rimbalzò sulla base spaziale di Phineas e Ferb colpendo i supereroi della Marvel. Lo S.H.I.E.L.D. rintracciò quindi come fonte del raggio Phineas e Ferb, decidendo di mandare da loro i supereroi per chiarire la situazione.
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