Narumi is on bad terms with her husband, Shinji, when, one day, Shinji goes missing. He comes back a couple of days later, but he seems like a totally different person, and he is now gentle and tender. He goes for a walk every day. Meanwhile, journalist Sakurai covers the story of a family that was brutally murdered, when an unexplained phenomenon takes place. Shinji Kase tells his wife that he came to Earth to invade.
Tokyo un segnale elettromagnetico ignoto causa scosse sismiche su vasta scala, compromettendo il funzionamento di una centrale nucleare. Nell'incidente Joe Brody perde la moglie e non si darà pace fino a che non avrà scoperto le ragioni del disastro, nascoste dalle versioni ufficiali. Quindici anni dopo la sua ricerca porterà alla verità, alla più incredibile e distruttiva delle verità.
Strani avvenimenti accadono al largo delle coste del Giappone: alcune navi esplodono e affondano senza apparente motivo. L’epicentro del fenomeno sembra essere nell’isola di Odo. Una notte, qualcosa emerge dall’acqua e semina morte e terrore sull’isola. Una spedizione scopre il responsabile di tutto questo: Godzilla, un gigantesco essere preistorico, che comincia a distruggere alla luce del sole, puntando direttamente al cuore del Giappone.