Il lungometraggio inizia con un libro e un narratore che racconta di una regina che governava con malignità, questa altri non è che la regina Grimilde, l'antagonista di "Biancaneve e i sette nani". Una notte la regina entra nel suo laboratorio e beve una pozione, la stessa che ha usato in "Biancaneve e i sette nani", che le permette di trasformarsi in strega. Il suo scopo è quello di impadronirsi della festività di Halloween, per aumentare all'infinito i suoi poteri. Ha bisogno, però, di un complice, così consulta il calderone magico per decidere che cattivo evocare.
Quando Bikini Bottom viene spazzata via dal fondo dell'oceano, la scoiattola scienziata Sandy Cheeks e il suo amico SpongeBob SquarePants vanno in Texas per salvare la loro città.
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