X-Files è una serie fantascientifica americana che descrive la riapertura dei casi irrisolti e dimenticati in archivio perchè collegati a fenomeni paranormali da parte dei due investigatori del FBI Fox Mulder e Dana Scully.
Scully è la scettica, meticolosa e scientifica agente assegnata per controbilanciare (e smontare) il lavoro dell'agente Molder e le sue scoperte spesso scomode, così da poterlo riassegnare ai casi "normali".
Smith accompagna Mulder in una piantagione dove lavorano una quantità impressionante di bambini-cloni. Le ragazzine assomigliano a Samantha. Scully trova l'ennesima prova di una nuova schedatura della popolazione.
Mulder e Scully indagano sul ritrovamento del corpo senza vita di un neonato. I due agenti si convincono che i responsabili dell'omicidio siano i Peacock, i cui componenti della famiglia, tre giovani orfani, sono degli individui deformi ed a quanto pare impossibilitati a continuare la specie.
I due agenti dell'FBI indagano sulla scomparsa di quattro ragazzi di colore, la quale potrebbe essere spiegata dal contemporaneo insorgere di una nuova malattia. Una delle vittime infatti aveva la pelle completamente bianca.
Il rapimento di una ragazza attira l'attenzione di Fox Mulder. Prima di essere catturata la giovane si era fermata in una drogheria per procurarsi alcune foto, dalla quale era emersa completamente stravolta e contornata da alcuni strani esseri ululanti.
Una squadra dell'FBI fa irruzione nel ranch sede del Tempio delle Sette Stelle ed arresta tutti gli adepti, tranne il capo. Una delle sei mogli del santone manifesta uno sdoppiamento della personalità ed addita Mulder come il suo fidanzato.
Fox e Dana indagano su un decesso avvenuto nel reparto di chirurgia estetica di un ospedale di Chicago durante un intervento di liposuzione. Scully si convince che il responsabile della morte sia il chirurgo, ma un nuovo decesso cambia lo scenario dell'indagine.
Frohike racconta a Mulder e Scully la storia del Fumatore, mentre questi ascolta il resoconto tramite un microfono direzionale, appostato di fronte alla sede del gruppo conosciuto come il "Pistolero Solitario".
A Honolulu un agente della dogana viene attaccato dal virus del cancro nero. Fox ritrova Krycek. I due si recano in Russia e trovano un gulag dove alcuni scienziati stanno conducendo un nuovo e misterioso esperimento.
Mulder è stato contaminato dal cancro nero, prodotto dalla roccia che i prigionieri del gulag stanno estraendo. Una nuova guerra fredda contrappone il Sindacato Ombra ad alcuni scienziati russi. Mulder riesce a fuggire e torna negli USA per fermare un killer mandato dai russi.
Seguendo le indicazioni di un suo incubo, Mulder trova lo scheletro di una bambina che egli ritiene possa essere stata uccisa da un killer anni prima. La faccenda si complica quando nasce il sospetto che l'uomo abbia fatto visita anche alla famiglia Mulder.
L'omicidio di una giovane messicana nei pressi di una baraccopoli induce Mulder a sospettare di Eladio, ritenendolo il chupacabra. Scully scopre l'esistenza di un enzima che catalizza la proliferazione di alcuni funghi, che Mulder pensa essere alieni.
Mulder e Scully indagano sulla scomparsa di un corpo. Del cadavere rimane ora la testa che Dana scopre essere completamente in metastasi. Ma l'uomo decapitato, Leonard Betts, riemerge da una vasca con la testa completamente rigenerata.
Ed Jerse, un neodivorziato, si è appena fatto fare un tatuaggio che però inizia a tormentarlo con una voce femminile. Ed uccide una ragazza del suo stesso palazzo, poi la sua strada si incrocia con quella di una Scully in crisi.
Dana scopre di avere un tumore alla base del naso. Durante un'indagine Scully scopre che le donne rapite sono tutte morte dopo la rimozione del chip. Skinner decide di scendere a patti con il Fumatore per salvare la vita di Scully.
La morte di tre giovani neonazisti induce Mulder e Scully ad ipotizzare che a commettere le tre aggressioni sia stato Isaac Lauria, un uomo che è appena stato sepolto. Fox ipotizza l'esistenza di un golem, un essere di fango che si muove spinto dalla sua sete di vendetta.
Mulder e Scully investigano sulla morte di un generale dell'esercito. Responsabili del decesso sembrano essere alcuni esponenti di una formazione paramilitare nota come la Mano Destra, ma ben presto viene individuato un marine che possiederebbe la capacità di rendersi invisibile.
Mulder e Scully indagano su un disastro aereo nel quale ha perso la vita Max Fenning. Fox è convinto che Max sia stato rapito dagli alieni. Uno degli addetti alla torre di controllo viene ucciso, l'altro cerca rifugio presso Dana e Fox. Mulder trova un nuovo relitto con un alieno a bordo.
Mulder è convinto che l'aereo civile sia entrato in collisione con un UFO. Un oggetto diviso in tre parti proverebbe la teoria di Mulder che s'imbarca su un aereo seguito da un killer che ha appena ucciso l'Agente Pendrell, uno spasimante di Dana.
Al MIT due ricercatori vengono interrotti da un anziano che predice la morte imminente di uno dei due. Il fatto accade, così Mulder si convince che l'anziano uomo possa aver viaggiato indietro nel tempo.
La nascita di un bimbo provvisto di coda permette a Mulder e Scully di conoscere Eddie Van Blundt, un individuo che possiede un'anomalia genetica che gli permette di modificare i propri tratti somatici.
Alcune api assassine uccidono una donna e Skinner fa sparire tutte le prove. compreso il cadavere. Mulder indaga e così il vicedirettore usa il proprio potere per depistare l'agente dell'FBI. Skinner è costretto ad ubbidire agli ordini del Fumatore.
Il ritrovamento di un cadavere in un bowling, la scomparsa dello stesso ed una scritta sul luogo dell'omicidio conducono Mulder e Scully in un ospedale psichiatrico dove una persona afferma di aver udito le ultime parole della ragazza che è stata uccisa nel locale.
Sul Monte Elias, in Canada, viene ritrovato il cadavere congelato di un alieno. Un uomo del Dipartimento della Difesa rivela a Mulder che le sue indagini hanno sempre riguardato un'abile montatura del Governo. In seguito Scully riconosce il cadavere di un suicida: è quello di Mulder.
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