Un giorno di ottobre, improvvisamente, il 2% della popolazione mondiale (140 milioni di persone) scompare in un solo istante. Alcuni si convincono che la Terra sia stata colpita dal "Rapimento della Chiesa", altri rifiutano di vederlo come un evento mistico, e nessuno, in realtà, sa veramente cosa sia accaduto. La serie ha inizio tre anni dopo l'evento, e segue le vicende della comunità di Mapleton, dove sono scomparsi nel nulla oltre cento abitanti.
Matt porta la moglie fuori da Miracle per scoprire qualcosa di più sulle sue condizioni, ma deve lottare contro coloro che sperano di ottenere il pass per la cittadina e si accalcano appena fuori le porte di Miracle.