Un giorno di ottobre, improvvisamente, il 2% della popolazione mondiale (140 milioni di persone) scompare in un solo istante. Alcuni si convincono che la Terra sia stata colpita dal "Rapimento della Chiesa", altri rifiutano di vederlo come un evento mistico, e nessuno, in realtà, sa veramente cosa sia accaduto. La serie ha inizio tre anni dopo l'evento, e segue le vicende della comunità di Mapleton, dove sono scomparsi nel nulla oltre cento abitanti.
Dopo aver ricevuto minacce di morte, il Reverendo Jamison decide di andare avanti e predicare i suoi insegnamenti, e cioè che coloro che sono svaniti non erano santi, ma peccatori, ma il suo sermone potrebbe costare la chiusura della parrocchia.